隨著一系列鼓勵企業科技創新政策的相繼出臺，啟東一大批企業以高校、科研單位為依托，組建工程技術研究中心：江蘇海四達集團有限公司組建了江蘇省新動力電池及材料工程技術研究中心，搭建了氫鎳電池用氫氧化亞鎳生產中試、鋰離子電池用正極材料生產中試等平臺，先后承擔了國家創新基金項目、江蘇省科技成果轉化項目等8個科研項目；江蘇林洋新能源有限公司組建了江蘇省太陽能電池及應用工程技術研究中心，將研究成果運用在光伏生產企業、光伏發電系統、建筑業系統轉化等領域，從而帶動了硅材料等整個光伏產業鏈的調整、優化、升級和相關產業的發展。目前，啟東市共有省級工程技術研究中心21家、南通市級工程技術研究中心51家。

由于企業自主創新能力不斷增強，促進了啟東市高新技術企業隊伍不斷發展壯大。高新技術企業已經發展到252家。在一批高新技術企業引領下，啟東以太陽能光伏電池、鎳氫電池、鋰離子電池以及風能發電等為主的新能源產業，以多用途船、集裝箱船、散貨輪等為主的高技術船舶產業，以電子式電能表、半導體材料、電腦附件等為主的電子信息產業蓄勢而發。

今年以來，啟東市已經完成產學研合作簽約項目120個，高新技術企業中的專利產品已有10多個被列入省以上各類科技計劃項目。今年上半年，全市實現高新技術產業產值160.84億元，同比增長44.28%，占規模工業的比例達36.6%，全市高新技術產業投入38.97億元，同比增長15.8%，占規模工業的比例達38.3%。